특정 organism별 유전자 유사성 검색
이번 주에는 organism별로 유전자 유사성 검색을 할 수있는 곳을 소개한 Trends in Genetics 13(7), 286-287 (1997)에 개제되었던 Whitehead Institute for Biomedical Research의 Fran Lewitter가 쓴 “How to limit your sequence search by organism”을 번역 정리합니다.
- 개요일반적으로 유전자에 대한 유사성 검색을 수행시 GenBank, EMBL등의 데이터 베이스를 대상으로 BLAST algorithm을 이용하여 검색을 하게 된다. …..
http://bric.postech.ac.kr/info/review/36.html
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)란?
뉴클레오타이드 데이타베이스(nucleotide database)와 단백질 데이터베이스(protein database)의 신속한 검색 방법을 제공하는 ncbi의 하나의 tool이다. BLAST에서 사용하는 알고리즘은 전체적인 상호관련성뿐만 아니라 부분적인 유사도도 탐지하기 때문에, 관련이 없는 단백질 또는 DNA내에 파묻혀 있는 similarity의 영역도 탐지될 수 있다. 이것들의 모든 타입의 similarity는 미지의 단백질의 기능 및 공통된 진화론적 관점에 대한 중요한 단서를 제공할 수도 있다.특징
protein sequence 및 nucleic acid sequence을 입력으로 받아 특정 NCBI 데이터베이스와 비교하도록 설계되어 있다. BLAST 알고리즘은 서로 상관 없는 서열에 대해서도 민감도와 속도를 균형 있게 고려하여 작성되었다.